匪徒们打开地宫之后，面临两个大难题：一个就是一片汪洋，要在水中捞宝;一个就是地宫之中一片黑暗，看不到目标。怎么办呢?兵匪们找来了筛子之类的东西，一部分人在地宫里面，用筛子在水中捞，捞到之后，传递到地宫之上，等候在地宫上面的兵匪接过来。可是，兵匪们一看，就不对劲了，根本不都是宝物，还有好多尸骨，于是，他们拿走了宝物，就把那些尸骨残忍地扔掉了。

二是尸骨变质了。这些帝后妃的尸骨由于长期浸泡在水中，变质很厉害。宗室宝熙在他的日记中记载：“在砖中拾得脊骨一，色皆黑。”可以想见，由于长期泡在污水中，久而久之，他们的尸骨变成了黑色。

三是乾隆帝的脑袋不见了。大家四处寻找，这些重殓人员来到地宫之中，找到了五具尸骨，唯独找不到乾隆帝的头骨，哪去了呢?大家七手八脚，费尽周折，最后在第四道被炸倒的东扇石门底下发现了一个头颅骨，大家细心分析，正是乾隆帝的脑袋。由于压在石门底下，很可惜，他的下颌骨被砸碎了。当宝熙抱着乾隆头盖骨看的时候，给吓了一跳，《宝熙日记》中这样记载：“两眼只有深眶，执灯近前观看，好似有白光从眼眶里射出。”这不吓人吗?但是，很庆幸，总算是找到了。

四是尸骨找不全了。裕陵的里里外外到处是尸骨，方城上、月台上、墓道里、地宫中，真是无处不有，乾隆帝的“手指及足趾骨则无从寻觅”，乾隆帝成了一个没手脚的残疾人了。尤其是那些养尊处优的后妃，更是很可怜，她们的尸骨“均已十不存五六”，真是很可悲。这里我们有些感慨，乾隆帝后生前养尊处优，死后却落个尸骨不全的下场，实在令人惋惜。