若昂六世在国家大政决策时，处处把王储排斥在外，仅仅给了他巴西亲王、布拉甘萨公爵两个虚衔。葡萄牙革命后，他曾考虑做个两全方案，派儿子回国主持局势，自己留下来，镇守巴西。但是他担心这个新潮的儿子，最后会跟革命者情投意合，于是把两人的去留颠倒了下。
 
这是一个正确的决定，亲王平易近人的作风获得了民众的喜爱，其军事才干又足以威慑敌人。军队哗变，逼王室回国，最后还是佩德罗与叛军斡旋，双方取得和解。
 
若昂六世回国后，议会立刻把他架空，剥夺王权，接着又打算收回巴西人的权利。10月份议会颁布命令，巴西分为若干个省，每个省都受里斯本直辖，曾经建立的中央机构全部撤销。但这项决议根本得不到执行，葡萄牙衰落破败，连老国王都承认它“是一个贫困的四等国家”。
 
参加会议的巴西代表中途离开，拒绝宣誓效忠新宪法，放弃了自治的希望，转向独立。里约等城市发起了反葡游行，群众骚扰葡萄牙侨民，哄抢葡萄牙人开的商店。
 
佩德罗再次面临去留的选择：回到祖国，按部就班当一个太平天子；或者留下来，孤身犯险。巴西上层精英担心亲王离开后，各路豪杰互不相让，陷入内乱。首都有绅士、商人八千人签名请愿，恳求亲王留下。

1822年1月9日，佩德罗作出一个简单有力的答复：“O Fico”，意即“我留下”。在亲王决定留下的第二天，葡军开出营地，强迫巴西人接受里斯本的命令。虽然大部分葡萄牙士兵跟随若昂六世回国，但各地还残留不少驻军，他们分为两类，一类人试图维系殖民统治，挑起变乱，另一类则顺应形势，改投巴西政府。佩德罗带领后者上阵，他以王族威仪呵斥乱军，将其驱赶出城。
 
首都稳定之后，亲王开始扫平四方，最大的一支顽固派葡军有2000人正规军和1500民兵，盘踞在萨尔瓦多。佩德罗手里只有少量亲卫队，军队的主力来自于各地庄园主的私人武装，单就军事素养而言，他们略逊于葡萄牙正规军，但是亲王占有海上优势。
 
统领巴西海军的科克伦勋爵（Lord cochrane）原是英国人，勇敢而又暴躁，由于涉嫌证券交易舞弊，被军方开除。他一气之下前往新大陆冒险，跟圣马丁并肩作战，解放了智利共和国。西班牙的殖民地被解放后，他又前往巴西，跟佩德罗意气相投，被任命为第一海军上将。
 
拥有海军，便能切断敌人的物资运输线，科克伦带着英国人的战斗技术，轻松打败了葡萄牙人。他带着少数兵力，追击庞大的葡萄牙船队（包括13艘战舰、70艘运输船，5000个军人），从巴西海岸一直追击到大西洋沿岸。

除了葡萄牙殖民者外，佩德罗还要和地方上的共和派作战。由于山川大河的隔绝，巴西各地经济分散，交通不便，从萨尔瓦多到里约的距离有一千多英里，巴西很可能像大哥伦比亚共和国那样四分五裂。东北部地区多次发生起义，最大的一次发生在1824年1月，北方六个省份，联合起来组成赤道联邦，首都定于伯南布哥。然而每个共和运动只想自保一方，没有建立“巴西共和国”的愿望。
 
经济大省里约、圣保罗、米纳斯吉拉斯则是坚定的中央集权派，尤其是里约热内卢，在若昂六世时期成为政治中心，管理着从果阿到澳门的庞大帝国。城市人口从5万增加到10万，翻了一番，国务会、银行总部、最高法院，各类机构一应俱全。里约热内卢渴望成为新国家的首都，当地绅商给以佩德罗财政支援，削藩戡乱，对各个分离派逐一清除。
 
国际局势上，英国人选择佩德罗，如果再不承认君主制政府，那么便会纵容共和派，导致法国雅各宾式暴乱。这是保守主义的英国不愿看到的，他不顾葡萄牙的反对，开始跟里约热内卢建交。

1822年9月，里斯本下达最后通牒，勒令佩德罗回国，禁止巴西独立。议会虽然不敢动王储本人，但指控他的亲信属下犯有叛国罪。送信的使者在伊皮朗加河畔（当地语，意为红河）遇到了亲王，当时他正巡察完地方，准备回首都。同时送到的还有其他两封信件，巴西的首席部长（由于当时未独立，因此还不是国家首相）和王妃分别写信劝诫亲王留下来，反抗葡萄牙的统治。
 
看到威胁信后，佩德罗气从中来，举起利剑，向着巴西的江山河土宣誓：“不独立、毋宁死。”在宣布独立当天，他即兴创作了一首歌《啊祖国，啊皇帝，啊人民》，在当晚的爱国集会上，佩德罗亲自演唱了该曲目，这也是巴西的第一首国歌。
 
两个月后，佩德罗在24岁生日当天举行了加冕仪式，正式登基。在制定头衔名称时，“国王”的称号被舍弃，因为国王意味着中世纪的君权神授，是葡萄牙王朝的延续。佩德罗像拿破仑那样采用了“皇帝”，按照古罗马的习惯，皇帝是受民众拥戴而立的。头衔里还加入“立宪”两个字，表明了佩德罗开明的政治立场。
 
这个新政权一出生就是世界第六大国，领土仅次于英法俄中土（耳其），如果不算上阿拉斯加和夏威夷，美国本土面积是小于巴西的。佩德罗一世也成为世界最年轻的开国君主之一。古往今来，在三十岁之前，打下江山的不过李世民、亚历山大大帝数人而已。
 
然而巅峰之后就是下坡路，巴西没有因为独立而繁荣富强，反倒变得更加动荡不安。妻子早逝、女儿流亡，本人被迫逊位，从一国之君变成丧家之犬，佩德罗经历这一切，只用了短短五年时间。