总理衙门接连听到对留美幼童事业不利的声音，开始征求重臣及相关人士之意见，有的主张全撤，有的主张半撤半留，有的主张整顿。而主张全撤者占据主流。光绪七年(公元1881年)七月，中国幼童奉命辍学撤退回国。当幼童由美国撤回时，全体幼童中，只有詹天佑等两人大学毕业。诚如温秉忠所言：“大多数再过一两年即可毕业，中途荒废学业，令人悲愤异常。”赴美120名幼童中，于1882年返华者计94名。其余或因犯规，或因品学欠佳，或因剪辫入教早已遣返，也有几位违令不归，而长居美国。

清廷关于是否撤回幼童曾经开展讨论，但对于撤回的幼童，怎样助其完成学业，及分配工作等事宜，却没有拟定任何办法。作为直隶总督，又在大兴实业急需人才的李鸿章，努力不让幼童埋没于官场，94名幼童中，头批21名送电信局学传电报，二三批学生中由船政局、上海机器局留用23名，其余50名安插于水师的机器鱼雷、水雷、电报各处。但正如黄开甲所抱怨，这种“完全不按个人志趣及在美所学”的办法，伤了幼童们的心，他愤怒地质问：“这就是东西双方影响下，中国政府的‘进步政策’吗？”并强烈质疑清王朝的统治的合法性，认为其必须彻底改革，“才适合治理它的万千子民。”这里，“美国化”的影子显示出来了。

尽管有种种不如意，回国的幼童们还是绽放了他们的才华。在全体返国幼童中，日后诞生了国务总理1人，铁路局长3人，外交部长2人，铁路官员5人，公使2人，铁路专家6人，外交官12人，矿冶专家9人，海军元帅2人，海军军官14人……其中如开国人自建铁路之先河的工程师詹天佑，一度出任民国总理的唐绍仪，促成美国退回部分庚子赔款的外交官梁诚，北洋大学校长蔡绍基等，都是赫赫赫有名的人物。

还有幼童为国家献出了生命。中日、中法两次海战中，7名服务于军中的幼童表现英勇，慷慨捐躯。美国驻华公使特地于1884年中法海战后，照会总理衙门，说“中法闽省之战，中国官兵均甚出力，其中尤为出力者，则系扬武船内由美国撤回之学生。……想该学生等出洋习业，曾有谓其惟务洋学，恐与中国事理，诸多未谙，难为有用之才。兹阅前因，足见深明大义，均能以死力报效，实为不负所学。”最后建议，“尚望贵国于幼童出洋一事，嗣后仍按时举办，将见人才辈出，贵国兴盛之基，自必蒸蒸日上矣。”但这时慈禧已借中法海战撤换全部军机大臣，政局的动荡，加上主持中枢者的缺乏眼光，留美计划终未恢复。